北京市第十二届运动会于2006年7月20日至8月11日在北京各区县举行，清华附中学生共有62人，代表海淀区参加了田径、篮球、射击三个项目的比赛。

在田径比赛中，清华附中有23名学生参赛，占海淀区田径代表队参赛队员人数的近四分之一。其中，李月同学在开赛第一天上午的首枚金牌项目女子乙组铅球比赛中顽强拼搏，以15.08米的成绩为海淀区代表队勇夺第一枚金牌并打破了该项目保持了26年的14.83米的纪录；马乐同学在男子跳远比赛中以7.62米的成绩打破7.58米的记录获得金牌，在三级跳远比赛中以16.59米的成绩打破了16.47米的北京市田径项目的最高记录，该成绩已接近16.80米的国际健将标准，在本次比赛中他一人夺得4枚半金牌，两破纪录，夺得45分。经过四天激烈的角逐，清华附中学生共获得12枚半金牌、9枚银牌、2枚铜牌，得分303分，为海淀区田径代表队以1009分的成绩获得团体总分第一名做出了贡献。

在篮球项目的比赛中，清华附中有27名学生参赛，占海淀区篮球代表队参赛队员人数的近60％。男甲、女甲教练分别由清华附中张涛、王亚平担任。在比赛中清华附中的两名教练员认真负责，细心指导，学生们不畏强手，尤其是在决赛中的对手基本是北京队、北京青年队的专业运动员的情况下，经过队员的奋力拼搏，最终，以清华附中队员为主的男甲、女甲、女乙均获第一名；海淀区获篮球总成绩团体总分第一名。清华附中学生冯甜、王丹和董晓雨凭借赛场上优异的表现获北京市第十二届运动会体育道德风尚奖。

在射击项目的比赛中，海淀区射击队完全由清华附中12名队员代表参加比赛，清华附中共参加男女、甲乙组六个项目的比赛。获得四枚金牌、两枚银牌、两枚铜牌。其中，去年从清华附中高三毕业进入清华大学的杨笑蕾同学破北京市女子气步枪青年组记录。

本次比赛清华附中学生参加的三个项目共获得22.5枚金牌，在赛场上清华附中学生展现了努力拼搏、积极进取的精神，为海淀区所取得的优异成绩做出了突出贡献。