2006年11月18日下午，中共海淀区委、海淀区人民政府在京西宾馆联合召开和谐海淀“十大创建工程”表彰大会，对和谐海淀“十大创建工程”样板单位和示范点予以表彰，会上，清华附中被授予“和谐校园创建样板单位”称号。同时，清华附中数学教研组、初2004年级组被授予“和谐校园创建工作示范点（岗）”称号。

近两年，清华附中积极响应中央建设社会主义和谐社会的号召，认真贯彻落实海淀区委《关于实践“三个代表”，构建和谐海淀的决定》及教工委、教委《关于创建“校园和谐工程”的实施意见》的文件精神，积极参与海淀区和谐工程建设。以和谐校园为契机，进一步深化学校内部管理体制改革和教育教学改革力度，构建以和衷共济、内外和顺、协调发展为核心的素质教育模式，营造以健康校园文化为纽带的高效、自由、协调的运转机制，注重组织构架、管理体制、校园安全、文化环境等多方面的建设，努力使全体师生员工身心愉悦，营造充满活力，规范有序的和谐校园。