6月3日下午，清华附中2008届（高05级）高中毕业典礼在附中报告厅举行。清华大学副教务长康飞宇应邀出席，附中校领导王殿军、方妍、刘俊、施平、周兆玉，德育处主任杜毓贞以及高三年级全体师生参加毕业典礼，教务主任赵鸿雁主持大会。

大会在全体与会师生庄严的国歌声里拉开帷幕。王殿军校长首先致辞，代表学校对全体高三年级教师表示感谢，并对毕业生们提出了殷切希望，勉励同学们既要走好高考这关键的一步，更要做一个对社会有贡献的人，为母校增光添彩。教师代表刘建钰老师在发言中，深情地回顾了三年来学生的学习和生活，极具感染力的讲话，寄予了老师们深切的鼓励和希望。毕业生代表李冉同学也上台发言，表达了对母校的感激和眷念之情，并表示要用出色的成绩来回报母校的培育之恩。随后，学生代表王晴和张超代表全年级学生向学校赠送纪念树（桂花树），表达全体学生“香飘神州，留恋母校”之意。

会上还公布了国际、国家、北京市级各类奖项获得者以及五位北大清华保送生名单，表彰了“希望之星”、“万邦儒奖学金”获得者以及市、区、校级优秀班集体、优秀学生干部、三好学生、优秀团员等，大学以及附中领导等为获奖者颁发获奖证书。最后，各班派一名代表上台领取王殿军校长颁发的北京市高中毕业证书，并分别与王殿军校长合影留念。