3月8日，以督学科中学责任督学孙维红女士为首的海淀区政府教育督导室专家组一行3人莅临清华附中，向王殿军校长及全体校长工作会成员反馈了海淀区政府督导室对清华附中督导工作的意见。反馈意见指出清华附中督导自评工作的特点是“实事求是、民主公开、正视问题”，充分肯定了学校管理工作的信息化，并对清华附中的办学成绩给予赞扬，同时提出两点工作建议：一是要落实初中学生综合素质评价工作，二是要推进家长学校和社区教育网络的工作。以后海淀区政府会定期对学校工作进行全面督导，三年一次。

海淀区政府督导评价组于2009年12月，对清华附中进行了为期一个月的素质教育综合督导检查。