1.核心课程体系：清华附中将原有的国家课程进行再构，形成基础类、拓展类、研究型的三个层次的立体化核心课程。不仅能使所有学生都找到自己感兴趣的课程，还能满足不同能力学生的需要。
2.校本特色课程体系：为了能进一步体现学校的特色化育人目标，实现清华附中的育人使命，进一步为学生发展提供更为综合化、特色化的课程以满足学生的多样化、个性化需求，学校在确保核心课程（原国家课程体系）的同时还创新性地开发出了围绕核心课程的特色课程体系：综合课程、领导力课程以及学生自创课程。
经过五年多的探索与实践，清华附中的课程体系构建得到了多方认可，并获得2013年第四届北京市基础教育教学成果二等奖。
核心课程：为了高质量地完成国家课程、满足学生个性特长需求，根据学生的认知水准，借助自主会考的契机，充分利用我校的传统优势、地域优势和周边的社会资源，将原有的国家课程中同一学科的模块内容进行了重组整合，压缩拓展，并加以开发，创建了三个层级的核心课程：基础类课程、拓展类课程、研究类课程。
领导力课程：领导力课程不同类别的教学致力于学生个人与目的超越、沟通与人际关系锤炼、行为与变化超越等能力的发展，在领导力课程的实施中，课程指导教师和班主任们需要不断更新教育理念，倡导学生的自主管理，信任学生的自我发展能力，为学生搭建展示自我的平台。
学生自创课程：清华附中给拔尖学生提供研究个人所擅长的领域和展示个人专长的平台，锻炼个人组织素材、语言和课堂的能力；通过学生自创课程的平台让同伴间传播学生最关注的领域内的相关知识；培养拔尖学生的独立意识、研究能力、表达能力和合作交流能力；促进学习方式的多样化，发展学生自主获取知识的愿望和能力。
综合课程：提供给学生在复杂、有意义的情景中发展自己能力的机会，学生有机会参与到情景更为“真实”的学习中，学生在复杂任务中的学习和体会会更加深入，表现更加优秀。
课程广泛涉猎不同的学科领域，拓宽知识基础，实现不同学科领域间的融合，培养学习和创新，信息、媒体和技术，生活和职业技能等二十一世纪核心技能；培养学生成为独立思考、敢于质疑、善于合作、勇于探索而全面发展的人。
